Με την ΚΥΑ, ορίζεται ότι ο ΟΚΑΝΑ έχει την αποκλειστική αρμοδιότητα και την ευθύνη της εγκατάστασης, διοικητικής οργάνωσης, διοίκησης, λειτουργίας και στελέχωσης με το αναγκαίο ιατρικό, νοσηλευτικό, θεραπευτικό, διοικητικό και λοιπό προσωπικό, τη χάραξη και το σχεδιασμό της πολιτικής, τον προγραμματισμό των δράσεων και την εποπτεία του επιτελούμενου έργου των παραπάνω μονάδων. 

Η δαπάνη των πάσης φύσεως εξυπηρετήσεων βαρύνει τον προϋπολογισμό του ΟΚΑΝΑ και η κάλυψη των αναγκών νοσοκομειακής και εξωνοσοκομειακής υγειονομικής περίθαλψης, των ουσιοεξαρτημένων ασθενών των μονάδων υποκατάστασης, που λειτουργούν σε χώρους των ενόπλων δυνάμεων, πραγματοποιείται από τις μονάδες υγείας του υπουργείου Υγείας.